对于表皮受损的盆景树桩，首先对受损的部位进行清洗，再用粉末状的硫磺粉涂抹，或者用30倍的硫酸铜溶液喷涂，每30分钟涂一次，涂2至3次，待药液晾干后，用带状薄膜将伤口一层一层包扎紧密，不让雨水浸入。1至2个月后察看伤口，若已恢复，即可拆除薄膜。对于里面(即木质部)受损的盆景树桩，首先把树桩内积存的杂物清除干净，并用消毒后的刀片刮除里面的腐烂层，再用5%高锰酸钾溶液或30倍的硫酸铜溶液喷涂消毒。
若发现树桩里面有虫蚁危害的痕迹，还要用杀虫类的药物防治，如50至100倍的敌敌畏溶液，50倍的氧化乐果溶液等进行注射或灌注。然后，要将树桩受损部位的空隙进行填充修补，填充的材料主要是按一定比例配制的水泥砂浆混合物。
将腐烂洞填充好后，根据盆景树桩的外观，因景造型，使其修复如故。最后，在外层使用密封剂密封，再粘好原树皮。若原树皮已不存在，可做上一层仿真树皮。
