每一年花展都围绕一个主题设计，而这个主题通常是和时代变迁，国家、城市的发展息息相关。回顾历年市花展主题可以见证深圳城市发展的足迹。花展的背后，是深圳践行绿色可持续发展理念，打造人与自然和谐共生的美丽中国典范的不懈努力。
2005年第七届深圳簕杜鹃市花展的主题是“文明·和谐·希望”，以多角度、多手法、多层面的园林花卉表现形式，展现深圳建市25年来繁荣、安定的景象和人们和谐、团结的幸福生活。“和谐深圳，效益深圳”在花展园林景点中的应用很突出。因为，2005年2月，深圳旗帜鲜明地提出了用“效益深圳”取代“速度深圳”的发展模式，这是一个历史性跨越。
2006年第八届簕杜鹃市花展的主题是“自然·和谐·康乐”。2006年，深圳获得住建部授予的创建“国家生态园林城市”示范市称号。当年市花展通过《锦绣鹏城》《绿色家园》等主题景点展现了深圳在发展循环经济、建设环境友好型城市、创建国家生态园林城市等方面的成就。
2013年第十五届簕杜鹃市花展的主题是“美丽深圳，梦想深圳”。2012年，党的十八大报告将生态文明建设提高到新的战略层面，提出“推进绿色发展、循环发展、低碳发展”和“建设美丽中国”，推动全社会形成善待自然、促进人与自然和谐发展的生态文明理念。本届花展将“绿色低碳”“环保生活”“垃圾减量分类”的理念融入景点布置，通过自然、环保材料的运用，结合各种植物花卉，制作了《鹏城竞秀》《虫虫的假日》《梨园芳菲》《花儿媚》等景点，展示了深圳繁荣、安定、祥和的景象。
2019年第二十一届簕杜鹃市花展主题是“万物并育，花语千园”。深圳率先构建“自然公园、城市公园、社区公园”三级公园建设体系，在城市中央建设各具特色、定位鲜明的综合公园，将可用的绿地、住宅区边角“见缝插绿”形成社区公园，将城市近郊山体绿地转化为郊野公园、森林公园。2019年，深圳建成各类公园1090个，提前一年实现“千园之城”建设目标。
2022年第二十四届簕杜鹃市花展以“阅读阳台之美”为主题。本次花展与2022年南国书香节暨第四届深圳书展同步举办，让书香与花香交织交融。游人在观展之中可以充分领略自然之美和艺术之美。疫情之下，花展表现人民对美好生活向往的生活方式，体现深圳这座生态、创新之城，也营造邻里之间的和谐、团结、互助、友爱。
