存在的主要问题
法律法规相对滞后
从新中国成立到2021年，我国一直没有一部独立的《湿地保护法》，湿地保护立法工作长期滞后。原有立法则呈现出“碎片化”的特点，湿地保护的相关法律规定散见于多个法律中。这些法律法规对湿地保护和恢复而言，虽各有侧重，但相对破碎，系统性不强，且法律约束力相对较弱。
历史欠账多，保护压力大
世界湿地的破坏与人类社会经济发展的进程密切相关，不论是发展中国家还是发达国家，都经历了从破坏到保护的过程。我国湿地保护历史欠账较多。如建国初期，国家为解决4亿多人民的粮食供给问题，决定开垦北大荒。在此期间，大量的湿地被开垦为农田。
目前，中国部分地区的部分湿地仍在退化，具体表现为小城镇排污设施缺乏导致湿地污染；资源开采导致湿地水土流失；过度砍伐、放牧导致湿地被破坏，生物多样性降低等。由于工农业生产需求不断增加、地下水过度采集等原因，造成湿地补水困难、缺水加剧。仅河北平原因超采地下水就形成30多个地下水位下降漏斗，总面积近2万平方公里。部分企业甚至将污水直接排入湿地，导致湿地生态环境恶化，植物大面积死亡。
管理体制有待进一步完善
中国的湿地保护涉及水利、农业、林草等多个部门，事实上形成了“九龙治水”的局面，由于管理分散，难以达到良好的管理效果。
目前我国的湿地管理体制是各类沼泽湿地由林草部门负责，湖泊河流湿地由水利部门负责，滨海湿地归自然资源部门负责。此前，我国的湿地保护主要依据2013年施行的《湿地保护管理规定》。该规定仅为部门规章，无法明确界定我国湿地保护主管部门和监管部门各自的职责范围以及协调机制。
新颁布实施的《湿地保护法》规定，由国家林业和草原局负责湿地资源的监督管理，国务院自然资源、水行政、住建、生态环境、农业农村等其他有关部门，按照职责分工承担湿地保护、修复、管理有关工作。国家林业和草原局会同上述部门建立湿地保护协作和信息通报机制。如果建设项目涉及国家重要湿地，要在选址、选线审批阶段征求国家林业和草原局意见。
有效实施湿地保护管理的关键在于保证各部门工作协调一致。然而，在国家层面，国家林业和草原局仅是自然资源部下设的一个副部级二级单位，由其协调上级部门及其他相关部委的工作，在管理体制上仍需进一步完善。在地方层面，很多地方林业主管部门是弱势部门，很难有效落实湿地保护管理的综合协调和监督管理职责。
