3.1 根系
树根是树木吸收养分的重要组织，对树干、树枝、树叶的生长发育有着重要的影响。水涝逆境对树木产生影响始于根系，因为水涝环境中树根表面可利用氧气明显下降，只有当土壤空气含氧量在5%以上，根才能健康生长[16]。水涝环境下树根无氧呼吸明显增强，无氧呼吸产生酒精、乳酸、丙酮酸等有害物质，会使得树根细胞中蛋白质变性，导致树根颜色发黑、根长变短[4]，此时树根更易受疫霉等病原体的攻击。树根质量、强度的下降致使树木在接下来的生长期内容易发生断裂倒伏。3.2叶片树叶是树木
3.2 叶片
树叶是树木进行光合作用和蒸腾作用的主要场所，土壤中水分过多会对树叶产生不利影响。树木在水涝环境下，树木新长出的叶片数量较少、面积减小，树叶气孔部分关闭，蒸腾作用受到抑制，叶色变黄，如果水涝持续时间长，水位上升，则叶片变黄比例加大，甚至会发生叶片脱落[17]。例如，崔雪[18]以2年生桑树（MorusalbaLinn）为对象，在室内模拟水淹，结果发现深度水淹会使得桑树叶变黄和枯萎，甚至脱落腐烂。
TANG等[19]研究了桦树（BetulaplatyphyllaSuk）的幼苗在水淹胁迫下的变化，发现桦树叶片逐渐衰老，水涝既抑制了淹水前形成的叶片生长，也抑制了新叶片的形成，并导致老叶脱落，叶片大量脱落和叶面积急剧减小可能和根的生长受抑制有关。
3.3 茎
树木在水涝环境下，树木茎的结构会发生变化，主要表现在茎节间缩短、茎部伸长、茎皮孔变大和地下茎生成[20]。植物在水涝胁迫下，植物茎节间缩短可以降低植物能量消耗的负担，保留更多的有机物维持基础生命活动。茎部伸长可以恢复叶片与水面以上大气的接触，这大大提高了氧气向内扩散和光合作用的速度，VoesenekL等[21]研究表明，植物茎的快速伸长主要和植物激素乙烯、生长素、赤霉素和脱落酸有关。
茎部皮孔变大能增强植物在水中的活力，例如喜树（Camp-tothecaacuminataDecne）在轻度水涝胁迫下，喜树茎在水面以下部位出现较多的皮孔，这是植物交换气体的通道，喜树以此来获得更多的氧气[22]，同样地，地下茎的伸长也有利于树木适应缺氧状态[23]。